L’association a pour buts de favoriser le développement du Musée rural jurassien en le soutenant dans ses activités, d'encourager les relations entre le musée et son public, de faciliter l'acquisition d'objets destinés à enrichir ses collections. Elle peut fournir des contributions à des travaux de recherche scientifique, des publications et des travaux de conservation. Les Amis du Musée peuvent aussi apporter leur appui en offrant leurs services bénévoles.